главная страница правила rss экспертная площадка
 
 

Ученые СФУ сумели в десятки раз увеличить скорость анализа генома

Разрабатывать алгоритм начали в 2015 году

 

Красноярские ученые создали алгоритм быстрого поиска сходных последовательностей, который позволяет до 10 раз и более повысить скорость анализа структур геномов, сообщил ТАСС один из авторов работы, доктор физико-математических наук, профессор Института космических и информационных технологий Сибирского федерального университета (СФУ) Сергей Царев.

Открытые базы данных по генетическим структурам позволяют исследователям в режиме онлайн-запросов искать близкие генетические структуры или их части для анализа геномов, однако время выполнения такого запроса иногда исчисляется сутками. С аналогичной проблемой ученые сталкиваются и при сборке полного генома организма, в частности, геномов хвойных растений, особенность которых - большая доля повторов. Такой процесс занимает недели работы крупных вычислительных кластеров. Математики в настоящее время работают над созданием быстрых алгоритмов поиска совпадающих подпоследовательностей в больших массивах подобных текстовых данных.

"Наш метод называется "быстрый поиск с обобщенной шкалой нониуса". Идея напоминает работу штангенциркуля, который имеет штангу с основной шкалой и нониус - вспомогательную шкалу для отсчета долей делений. Этот принцип позволяет резко повысить скорости работы - в 10 раз, иногда больше. Кроме того, наш алгоритм может найти сходные участки ДНК там, где другие алгоритмы могут их пропустить", - рассказал Царев.

По его словам, быстрые алгоритмы поиска в текстах - область, применяемая чуть ли не везде в современном мире. Например, искать информацию в Google получается за считанные секунды, потому что там, кроме быстрых компьютеров, имеются весьма изощренные алгоритмы быстрого поиска нужной информации в накопленных данных. Другой пример - поиск сходных текстов системами типа "антиплагиат", поиск ошибок в больших текстах и так далее.

Источник: ТАСС

/static/img/blogs/link16x16px.png /static/img/blogs/vkontakte16x16px.png /static/img/blogs/facebook16x16px.png /static/img/blogs/twitter16x16px.png /static/img/blogs/blogsmailru16x16px.png /static/img/blogs/google16x16px.png

25 июля 2018 года, 14:00